Bundesministerin Nancy Faeser leitet das Ministerium in eigener Verantwortung innerhalb der vom Bundeskanzler vorgegebenen Richtlinien. Unterstützt wird sie dabei von den beamteten Staatssekretärinnen und Staatssekretären. Sie bilden zusammen die Hausleitung, denen die Abteilungen und Referate des BMI sowie dessen nachgeordneten Behörden unterstehen. Ebenfalls zur Hausleitung gehören die Parlamentarischen Staatssekretärinnen und Staatssekretäre, die die Ministerin bei ihren politischen Aufgaben unterstützen.